Paleogenomics

Genel Bakış

Paleogenomics, kemikten, dişlerden, sedilerden gelen genomik bilgileri, korunmuş dokular ve tarihi örneklerden alır. Antik DNA parçalandı, kimyasal olarak değiştirilmiş ve çevresel ve modern moleküllerle karıştırılmıştır. Kimlik numarası yine de soy, göç, katkı, adaptasyon, evlendirme ve patojen tarihi morfoloji veya mevcut genomların tek başına çözebileceğini ortaya koyuyor.

Teknik temeller

Ölümden sonra endojen DNA hidrolysis, oxidasyon ve mikrobiyal istilaya maruz kalır. Molecules kısar ve yakın parça sona ermiş olan cytosine deaminasyon karakteristik belirgin alt kurumlar oluşturur. Dense petrous kemik ve diş çimentoum yüksek endojen kesikleri koruyabilir, ancak koruma büyük ölçüde değişir. Tek parçalı kütüphane yöntemleri çok kısa molekülleri geri alır, ancak kısmi hasar onarımı doğrulama sinyalini korurken doğruluk artırabilir. İnsan ayrıca modern eller DNA'sı ve antik mikrobiyal topluluklar vergionomik atamayı zorlamaktadır. Moleküler seks, akrabalık ve heterozygosity farklı kapsama eşleri tahmin edilebilir.

Nasıl çalışır

Çalışma, fiziksel olarak izole edilmiş temiz odalarda, kontrataminasyon örnekleri ve ekstraksiyon boşlukları ile başlar. Kütüphaneler kısa molekülleri yakalar ve mitokondriyal DNA'yı zenginleştirebilir, seçilmiş loci veya tüm genomları. Bioinformatic pipelines haritası, model karakteristik terminal hasarı, tahmin kirliliğini okuyun ve tüm frekansları eski ve modern referans panelleriyle karşılaştırır. İstatistiksel modeller daha sonra düşük kapsama ve belirsizlik için muhasebe yaparken demografik histories test eder.

Ölçme ve Araştırma Yöntemleri

Analitik boru hatları, çakışlama okurlarını birleştirir ve kısa hasarlı parçalar için uygun parametrelerle harita. Blank kontrolleri laboratuvar kirleticilerini ortaya çıkarır. Mitochondrial konteynır, X-chromosome erkek ve tümele personel veya referans panellerine uyum sağlar. Genotype, düşük derinlikte zorlanamayan diplooid çağrılarından daha iyi belirsizlikleri korur. Nüfus analizleri temel bileşenleri projeksiyon, f-statistikler, admixture grafikler ve kömürsel modellemeyi kullanır, identifiability test etmek için simülasyonlar ile. Radyokarbon tarihleri ve arkeolojik bağlam, genetik kümelemeden itibaren açıkça dahil edilir.

Anahtar fikirler

• Eski örnekler sonlu kültürel ve biyolojik kaynaklardır, bu nedenle yıkıcı örnek haklı ve minimum olmalıdır.
• DNA hasar modelleri, molekülleri gerçekleştirmeye yardımcı olur, ancak her türlü konteynasyon veya önyargı kaynağını kaldırmayın.
• Genetik ilgililik, arkeolojik kültür ve kişisel kimlik farklı kavramlardır ve şişilmemelidir.

Mevcut araştırma sınırları

Sedimentary DNA ve palaeoproteomics, tanınabilen iskelet materyalinin olmadığı yerdeki inference uzatır. Hedeflenen yakalama, nüfus ölçekli örnekleme sağlarken, uzun süreli ve epigenetik rekonksiyon moleküler koruma ile sınırlı kalır. Araştırma, ev sahibi genomların yanı sıra patojen evrim ve ekosistem cirolarını giderek daha fazla inceliyor. Teknik ilerleme etik ortaklığı değiştiremez: örnekleme planları custodians ve inant toplulukları, yıkıcı miktarlar belgelemeli ve geri dönüş veya yeniden düzenlenmelidir. Açık sorular önyargılı referans panellerini, topluluklar için mahremiyeti ve bireyler olarak iletişim kurma ve biyolojik ırkları yeniden oluşturmadan veya genetik haritalamadan doğrudan dil ve kültüre ilişkin iletişim kurma konusunda endişe verici mesajlar sunmaktadır.

Neden önemli?

Paleogenomics insan prehistory, ek ve hayvan evcilleştirme ve bulaşıcı hastalıkların evrimi hakkında bilgi değiştirdi. Zaman kaynaklı genomlar, sadece yaşayan torunlarından kaynaklanan inference yerine nüfus değişimini doğrudan gözlemlemektedir.

Limitler ve açık sorular

Koruma iklim ve toprak arasında eşitsizdir, güçlü coğrafi ve sosyal örnekleme önyargı yaratır. Referans veritabanı eksik kalıyor, demografik modeller güvenilmez ve sonuçlar rıza, stilite, yorum ve veri erişimi ile ilgili etik yükümlülükleri yerine getirmek için etik yükümlülükler taşıyabilir.